Pedoman pengelolaan organisasi Universitas Indonesia dibuat berdasarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 75 Tahun 2021 Tentang Statuta Universitas Indonesia. Salah satu pasalnya ada pada BAB III tentang Penyelenggaraan Tridharma yang mengatur mengenai kebebasan akademik, otonomi keilmuan, penerimaan mahasiswa, biaya pendidikan, pemberian gelar, dan sebagainya.
Selain BAB III, pengelolaan organisasi juga diatur pada BAB IV tentang Sistem Pengelolaan. Pada bab ini dibicarakan mengenai organ UI, hubungan antar organ, pengambilan keputusan, dan tugas beserta kewajiban organ-organ tersebut. Karena UI adalah institusi yang bergerak di bidang Pendidikan, maka yang menjadi titik berat pengelolaan organisasi adalah dalam pengelolaan penyelenggaraan Tridharma, seperti yang tecantum dalam Anggaran Rumah Tangga (ART) UI BAB II Bagian Kesatu Pasal 3:
Pada ART UI, pada BAB I Ketentuan Umum dinyatakan bahwa pengelolaan administrasi di UI dilakukan oleh perangkat administratif rektor yang bekerja pada Pusat Administrasi Universitas (PAU). PAU memiliki unit kerja yang menjalankan suatu fungsi, tugas, dan kewajiban dan atau program dalam penyelenggaraan dan pengelolaan UI. Semua penyelenggaraan dan pengelolaan universitas ini terdapat dalam Kebijakan Umum Universitas Indonesia (KU). Kebijakan Umum (KU) adalah arahan strategis yang berfungsi sebagai penunjuk arah pengembangan dan pedoman untuk menyusun Rencana Pembangunan Jangka Panjang dan Rencana Strategis (Renstra) UI. Rencana Strategis inilah yang dilakukan oleh para perangkat administratif rektor atau Pusat Administrasi Universitas sesuai dengan Tugas Pokok dan Fungsi (Tupoksi) masing-masing unit kerja.
Pedoman kepegawaian di Universitas Indonesia diatur Statuta UI pada BAB IV Bagian Keenam tentang Ketenagaan. Salah satu pasal yang mengatur mengenai ketenagaan ini adalah Pasal 43 yaitu:
Lebih lanjut mengenai ketenagaan juga diatur pada BAB XI tentang Ketentuan Penutup. Pada pasal 84 tertulis bahwa:
Kemudian mengenai sistem rekrutmen, UI diberikan hak untuk mengaturnya melalui Keputusan Rektor seperti yang tertulis pada Ketentuan Penutup pasal 85 tertulis bahwa:
Selain pasal-pasal yang terdapat pada Statuta UI di atas, aturan mengenai kepegawaian juga terdapat pada Aturan ART BAB IV Tentang Ketenagaan termasuk diantaranya tata kelola SDM, jenis dan status ketenagaan, hak dan kewajiban, jaminan sosial, dan sebagainya. Peraturan Rektor yang mengatur terkait kepegawaian dapat diakses pada laman Direktorat SDM.
Pedoman pengelolaan keuangan diatur pada Statuta Universitas Indonesia, yaitu BAB IX tentang Pendanaan dan Kekayaan. Pada pasal 59 tertulis bahwa:
Sementara pada pasal 60 tertulis bahwa Pengelolaan keuangan UI meliputi:
Pada Bagian Kedua pasal 74 yang membahas mengenai Pendapatan tertulis bahwa:
Lebih jauh mengenai pengelolaan keuangan, pada ART UI dibahas secara rinci pasal-pasal di atas, seperti pengelolaan investasi dalam aset keuangan, pengelolaan dana khusus, pengelolaan aset tetap, dan sebagainya terdapat pada ART BAB VII tentang Pengelolaan Keuangan.